En el Virreinato Peruano el Tribunal de la Santa Inquisición se estableció durante el gobierno del virrey Toledo, por real cédula de 25 de enero de 1569. Empezó a funcionar el año siguiente, en 1570. Estuvo bajo la dirección inicialmente de los dominicos y luego de los mercedarios, pero después jesuitas acapararon sus más altas esferas.La misión de la Inquisición no era otra que combatir a los herejes. En este sentido, sus atribuciones eran las mismas que el tribunal inquisitorial de España. Se buscaba, con esto, preservar la fe católica. En un comienzo, su acción no tenía alcance sobre los indígenas; puesto que solo se condenaba herejía, pero pronto las atribuciones de esta institución se ampliaron al seguimiento de causas por blasfemia, poligamia, hechicería, idolatría, etc., comprendiendo dentro de sus alcances al pueblo nativo. La jurisdicción de la Inquisición Limeña se extendía hasta las audiencias de Charcas, Chile y Quito.
La aplicación de tormentosos castigos corporales eran ejercidos por hermanos de la orden de Santo Domingo, mientras que los de San Juan de Dios se encargaban de cuidar a los enfermos. Este rígido y severo tribunal envió a la hoguera a 40 personas por herejes, mientras que, en conjunto, con el proceso seguidos por otras causas el número de sentenciados llegó a 371, hasta que dejó de funcionar en 1761. Todo esto desenvolvió un sentimiento adverso al tribunal, tal es así que a su supresión, en 1761, se produjeron manifestaciones de contento popular en el ambiente del Perú virreinal, especialmente en Lima.
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